Sedert die laaste deel van die twintigste eeu het wetenskaplikes meer holisties na biologiese stelsels begin gekyk. Die holistiese of globale siening van biologiese stelsels is die sleutel tot 'omics' navorsing. Bykomend tot holistiese benaderings het 'n paradigmaverskuiwing plaasgevind waarvolgens dit geglo word dat die genetiese bloudruk alleen nie biologiese stelsels of fenotipes kan verduidelik nie, veral in verhouding tot hul omgewing en alle verwante verwarringe.

Die metaboloom is die finale stroomafwaartse produk van die genoom en is die naaste aan die funksionele fenotipe van die sel of organisme. Die metabolome is dus ook nader aan die omgewing en meer vatbaar vir eksterne perturbasies. Baie studies al getoon dat die studie daarvan meer direkte antwoorde kan gee as die proteoom of transkriptoom - waar veranderinge van metaboliete waargeneem is, selfs wanneer veranderinge in die konsentrasies van proteïene en transkripsies nie waarneembaar was nie.

Verder, lyk die analise van die metabolome meer aantreklik as die analise van die proteoom of transkriptoom vanuit die oogpunt dat dit uit <10 000 geskatte klein molekules (metaboliete) bestaan ​​in teenstelling met die miljoene of tienduisende proteïene, transkripsies en gene.